Creating binding-site residue list Creating molecular surface real 0m1.800s user 0m0.266s sys 0m0.189s Creating sphgen spheres Enter name of sphere cluster file: Enter cluster number to process (<0 = all): Generate surfaces as well as pdb files (/Y)? Enter name for output PDB file name: Cluster 0:1189 spheres. 102. 102. 102. 106. 106. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 107. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 110. 110. 114. 114. 117. 117. 117. 117. 117. 118. 120. 120. 120. 121. 121. 121. 121. 121. 121. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 126. 126. 126. 128. 128. 128. 128. 128. 128. 128. 128. 128. 128. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 129. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 136. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 137. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 138. 139. 139. 139. 139. 139. 139. 139. 139. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 142. 142. 142. 142. 142. 144. 144. 145. 145. 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STOP Generating faster matching2 spheres for docking Enter name of sphere cluster file: Enter cluster number to process (<0 = all): Generate surfaces as well as pdb files (/Y)? Enter name for output PDB file name: Cluster 1: 45 spheres. 9001.9002.9003.9004.9005.9006.9007.9008.9009.9010.9011.9012.9013.9014.9015.9016.9017.9018.9019.9020.9021.9022.9023.9024.9025.9026.9027.9028.9029.9030.9031.9032.9033.9034.9035.9036.9037.9038.9039.9040.9041.9042.9043.9044.9045.FORTRAN STOP Coloring matching spheres Creating box around spheres Hydrogen solvent excluded grid being made FORTRAN STOP real 17m9.774s user 15m45.196s sys 0m0.128s Heavy solvent excluded grid being made FORTRAN STOP real 24m31.367s user 22m25.966s sys 0m0.131s