DOCK 3.5 parameter ############################################################################### ################## DOCK 3.5 INPUT PARAMETERS 2011/09/07 ####################### ############################################################################### ############################################################################### # INPUT/OUTPUT # receptor_sphere_file ../../sph/match2.sph cluster_numbers 1 # NOTE: split_database_index is reserved to specify a list of files ligand_atom_file split_database_index output_file_prefix test. random_seed 777 # ############################################################################### # MATCHING # distance_tolerance 1.5 nodes_maximum 4 nodes_minimum 3 ligand_binsize 0.4 ligand_overlap 0.1 receptor_binsize 0.4 receptor_overlap 0.1 bump_maximum 1 focus_cycles 0 focus_bump 0 focus_type energy critical_clusters no # ############################################################################### # COLORING # chemical_matching yes case_sensitive no # ligand color, receptor color match positive negative match positive negative_or_acceptor match positive not_neutral match negative positive match negative positive_or_donor match negative not_neutral match donor acceptor match donor donacc match donor negative_or_acceptor match donor neutral_or_acceptor_or_donor match donor not_neutral match acceptor donor match acceptor donacc match acceptor positive_or_donor match acceptor neutral_or_acceptor_or_donor match acceptor not_neutral match neutral neutral match neutral neutral_or_acceptor_or_donor match ester_o donor match ester_o donacc match ester_o positive_or_donor match ester_o not_neutral match amide_o donor match amide_o donacc match amide_o positive_or_donor match amide_o not_neutral # ############################################################################### # SINGLE MODE # #rmsd_override 0.0 #contact_minimum 0 #energy_maximum 1.0e+6 ##truncate_output 1000.0 # ############################################################################### # SEARCH MODE # ratio_minimum 0.0 atom_minimum 5 atom_maximum 100 number_save 50000 molecules_maximum 300000 initial_skip 0 timeout 180 # ############################################################################### # SCORING # ligand_desolvation volume solvmap_file ../../grids/solvmap_sev #solvmap_file ../../grids/solvmap_sev.heavy #hydrogen_solvmap_file ../../grids/solvmap.sev.hydrogen delphi_file ../../grids/rec+sph.phi chemgrid_file_prefix ../../grids/chem vdw_parameter_file ../../grids/vdw.parms.amb.mindock electrostatic_scale 1.0 vdw_scale 1.0 check_clashes yes remove_positive_solvation no # ############################################################################### # MINIMIZATION # minimize yes minimization_max 1.0e15 check_degeneracy no simplex_iterations 200 simplex_convergence 0.1 simplex_restart 1.0 simplex_initial_translation 0.2 simplex_initial_rotation 5.0 # ############################################################################### ###############################################################################