Creating binding-site residue list Creating molecular surface real 0m2.243s user 0m0.346s sys 0m0.212s Creating sphgen spheres Enter name of sphere cluster file: Enter cluster number to process (<0 = all): Generate surfaces as well as pdb files (/Y)? Enter name for output PDB file name: Cluster 0:1265 spheres. 88. 88. 89. 89. 89. 89. 89. 94. 99. 99. 99. 99. 99. 99. 101. 101. 105. 107. 107. 107. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 108. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 117. 117. 117. 117. 117. 117. 117. 117. 117. 117. 117. 117. 120. 120. 120. 120. 120. 120. 120. 120. 120. 121. 121. 121. 121. 121. 121. 121. 121. 121. 121. 121. 121. 121. 122. 122. 124. 124. 124. 124. 124. 124. 124. 124. 124. 125. 125. 126. 126. 129. 129. 129. 130. 130. 130. 130. 130. 130. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 131. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 133. 134. 134. 134. 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STOP Generating faster matching2 spheres for docking Enter name of sphere cluster file: Enter cluster number to process (<0 = all): Generate surfaces as well as pdb files (/Y)? Enter name for output PDB file name: Cluster 1: 45 spheres. 9001.9002.9003.9004.9005.9006.9007.9008.9009.9010.9011.9012.9013.9014.9015.9016.9017.9018.9019.9020.9021.9022.9023.9024.9025.9026.9027.9028.9029.9030.9031.9032.9033.9034.9035.9036.9037.9038.9039.9040.9041.9042.9043.9044.9045.FORTRAN STOP Coloring matching spheres Creating box around spheres Hydrogen solvent excluded grid being made FORTRAN STOP real 27m58.913s user 27m55.793s sys 0m0.260s Heavy solvent excluded grid being made FORTRAN STOP real 39m30.694s user 39m27.596s sys 0m0.222s