Creating binding-site residue list Creating molecular surface real 0m1.984s user 0m0.376s sys 0m0.143s Creating sphgen spheres Enter name of sphere cluster file: Enter cluster number to process (<0 = all): Generate surfaces as well as pdb files (/Y)? Enter name for output PDB file name: Cluster 0:2254 spheres. 250. 250. 250. 250. 253. 253. 255. 255. 255. 255. 255. 261. 261. 261. 261. 261. 261. 261. 262. 262. 262. 262. 263. 263. 263. 263. 263. 263. 263. 263. 263. 263. 263. 263. 271. 271. 271. 271. 275. 275. 275. 275. 276. 276. 276. 276. 276. 276. 276. 276. 277. 277. 277. 279. 279. 279. 279. 279. 279. 279. 279. 280. 280. 280. 280. 280. 280. 280. 280. 280. 313. 319. 319. 319. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 320. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 321. 323. 326. 326. 326. 326. 326. 326. 326. 326. 326. 326. 327. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 328. 330. 332. 332. 332. 332. 334. 347. 349. 349. 349. 349. 349. 349. 351. 351. 351. 351. 352. 352. 353. 353. 353. 353. 353. 353. 353. 353. 354. 354. 355. 355. 355. 356. 356. 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STOP Generating faster matching2 spheres for docking Enter name of sphere cluster file: Enter cluster number to process (<0 = all): Generate surfaces as well as pdb files (/Y)? Enter name for output PDB file name: Cluster 1: 45 spheres. 9001.9002.9003.9004.9005.9006.9007.9008.9009.9010.9011.9012.9013.9014.9015.9016.9017.9018.9019.9020.9021.9022.9023.9024.9025.9026.9027.9028.9029.9030.9031.9032.9033.9034.9035.9036.9037.9038.9039.9040.9041.9042.9043.9044.9045.FORTRAN STOP Coloring matching spheres Creating box around spheres Hydrogen solvent excluded grid being made FORTRAN STOP real 26m35.724s user 25m19.546s sys 0m0.159s Heavy solvent excluded grid being made FORTRAN STOP real 50m31.809s user 35m49.910s sys 0m0.046s