Creating binding-site residue list Creating molecular surface real 0m1.266s user 0m0.220s sys 0m0.125s Creating sphgen spheres Enter name of sphere cluster file: Enter cluster number to process (<0 = all): Generate surfaces as well as pdb files (/Y)? Enter name for output PDB file name: Cluster 0:1354 spheres. 92. 92. 93. 96. 97. 97. 98. 98. 98. 98. 98. 98. 98. 98. 99. 99. 99. 99. 99. 99. 99. 100. 103. 103. 106. 110. 111. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 112. 113. 113. 113. 113. 113. 113. 113. 113. 113. 114. 115. 115. 115. 115. 115. 115. 115. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 116. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 118. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 123. 124. 124. 124. 124. 124. 124. 124. 124. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 125. 126. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 127. 131. 131. 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STOP Generating faster matching2 spheres for docking Enter name of sphere cluster file: Enter cluster number to process (<0 = all): Generate surfaces as well as pdb files (/Y)? Enter name for output PDB file name: Cluster 1: 45 spheres. 9001.9002.9003.9004.9005.9006.9007.9008.9009.9010.9011.9012.9013.9014.9015.9016.9017.9018.9019.9020.9021.9022.9023.9024.9025.9026.9027.9028.9029.9030.9031.9032.9033.9034.9035.9036.9037.9038.9039.9040.9041.9042.9043.9044.9045.FORTRAN STOP Coloring matching spheres Creating box around spheres Hydrogen solvent excluded grid being made FORTRAN STOP real 16m37.827s user 15m11.363s sys 0m0.072s Heavy solvent excluded grid being made FORTRAN STOP real 29m11.980s user 21m54.776s sys 0m0.079s