Enabling DOCK Developer Scripts incl Database Preparation Intel/Linux inactives we got past inactivesDB.ism actives we got past actives.ism node-6-09.c.bkslab.org du2 starts 1 molecule processed, 0 errors first try already in then inzinc count is 0 bzcat: Can't open input file 92: No such file or directory. bzcat: Can't open input file 33: No such file or directory. convert.py (Tripos MOL2 -> MDL SDF): mols in: 1 mols out: 1 Total: 1 mols processed. count is 0 bzcat: Can't open input file 03: No such file or directory. bzcat: Can't open input file 95: No such file or directory. convert.py (Tripos MOL2 -> MDL SDF): mols in: 1 mols out: 1 Total: 1 mols processed. bzcat: Can't open input file 92: No such file or directory. bzcat: Can't open input file 33: No such file or directory. bzcat: Can't open input file 03: No such file or directory. bzcat: Can't open input file 95: No such file or directory. du2.csh script updated ligand processing MakeDOCK 2.0, modified by J.Irwin and M.Mysinger. Previous versions by D.M.Lorber, B.Q.Wei, A.N.Kirschner, and N.Huang Using scripts in /raid5/people/mysinger/xyz/dockenv. Creating binding-site residue list Creating molecular surface real 0m23.473s user 0m0.262s sys 0m0.113s Creating sphgen spheres Enter name of sphere cluster file: Enter cluster number to process (<0 = all): Generate surfaces as well as pdb files (/Y)? Enter name for output PDB file name: Cluster 0:1534 spheres. 31. 32. 32. 38. 42. 42. 43. 43. 45. 45. 45. 45. 49. 49. 49. 49. 49. 50. 50. 50. 50. 50. 53. 53. 53. 53. 53. 55. 58. 58. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 59. 105. 105. 105. 105. 106. 106. 106. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 109. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 111. 132. 132. 132. 132. 132. 132. 132. 132. 132. 132. 132. 133. 133. 133. 136. 136. 136. 136. 136. 137. 137. 137. 139. 139. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 140. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 141. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 142. 146. 146. 146. 146. 146. 146. 146. 146. 146. 146. 146. 147. 147. 147. 147. 147. 148. 148. 148. 148. 148. 148. 148. 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Enter name for output PDB file name: Cluster 1: 27 spheres. 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. 26. 27.FORTRAN STOP Adding essential hydrogens to receptor